De NVCO kent zes werkgroepen, waarvan enkele gedeeld met de NVGIC: werkgroep mammachirurgie, werkgroep endocriene chirurgie, werkgroep coloproctologie (WCP), werkgroep leverchirurgie en de werkgroep robotchirurgie.
Deze werkgroepen vormen een belangrijk onderdeel van onze vereniging.
De NVCO neemt deel aan een aantal multidisciplinaire werkgroepen.